La première méthode d'évaluation de l'entreprise, l'actualisation des flux de trésorerie disponible (dite DCF, Discounted Cash Flows) est fondée sur l'idée que la valeur de l'actif économique est égale aux montants annuels des flux de trésorerie disponibles après impôt de l'entreprise, actualisés en fonction de leur risque. Le taux d'actualisation utilisé est le coût moyen pondéré du capital (moyenne du coût des capitaux propres et du coût de l'endettement) ou weighted average cost of capital (WACC).

On calcule ainsi:
· Les flux de trésorerie après impôt actualisés sur l'horizon des prévisions explicites (visibilité de l'entreprise) ;
· La valeur terminale à partir de l'estimation d'un taux de croissance à l'infini ;
· La valeur des capitaux propres, qui est la différence entre la valeur de l'actif économique ainsi obtenue et la valeur de la dette.

Les flux de trésorerie à prendre en compte dans cette méthode sont définis comme :
résultat d'exploitation
+ dotations aux amortissements
- impôt sur les sociétés théorique sur le résultat d'exploitation
- investissements
- variation du besoin en fonds de roulement.

La méthode des multiples est une approche analogique aussi bien dans le temps, que par rapport au marché dans son ensemble ou encore à d'autres entreprises du même secteur. Dans cette approche, la valeur de l'actif économique d'une entreprise est issue d'un multiple de sa capacité bénéficiaire avant frais financiers : multiple du résultat d'exploitation ou multiple de l'excédent brut d'exploitation. Le multiple considéré peut être un multiple de transaction (observé lors de l'achat ou de la vente d'une entreprise) ou un multiple boursier (observé sur les cours de bourse).

L'évaluation selon la méthode patrimoniale revient à estimer séparément les différents actifs et engagements de l'entreprise et à en faire la somme algébrique. Il existe plusieurs types de valeurs patrimoniales (depuis la valeur de liquidation jusqu'à la valeur d'usage) et la fiscalité n'est pas neutre : elle se traduit soit par un impôt théorique sur les plus ou moins-values, soit par une absence d'économie d'impôts du fait de la sous-évaluation comptable des actifs amortissables achetés. La valeur patrimoniale n'a de sens que si elle intègre les actifs incorporels de l'entreprise, qui sont particulièrement difficiles à estimer.

Il est indispensable d'expliquer les éventuels écarts obtenus entre ces différentes méthodes qui sont souvent une source considérable d'ingénierie financière et qui évoluent tout au long du cycle de vie de l'entreprise.