Tous les vols inter-Europe, mais également les vols internationaux à l'arrivée ou au départ de l'Union européenne, seront soumis au système européen d'échange des quotas d'émissions (Emissions Trading Scheme) à partir de 2012. Longtemps contestée, cette décision ne fait toujours pas l'unanimité au sein des compagnies ariennes, qui souhaitent que Bruxelles leur attribue 100% de quotas gratuits…Or, les autorités européennes ont déjà assoupli les conditions d'entrée du secteur aérien dans le marché carbone. Seuls 15% des quotas seront en effet payants et mis aux enchères sur le marché, le reste leur étant alloué gratuitement –contre l'avis du Parlement européen, qui avait demandé de faire payer 25% de ces droits d'émissions. Par ailleurs, les émissions devront être limitées à 97% des gaz à effet de serre émis en moyenne pendant la période 2004-2006. Un plafond moins ambitieux que celui de 90% demandé par la commission parlementaire Environnement, mais, il est vrai, supérieur aux 100% proposés par les Etats membres… Les émissions des avions devront ainsi être limitées en 2012 à 97% de leur niveau de 2005, puis à 95% de ce niveau sur la période 2013-2020, indique l'accord.

Faisant valoir la hausse du prix du carburant, les compagnies continuent également à rappeler qu'elles ne représentent que 2 à 3% des émissions de GES en Europe. Une vérité aujourd'hui, mais une erreur à court terme : elles pourraient en effet augmenter de 150% d'ici 2012 pour les vols internationaux, au rythme de croissance actuel du trafic aérien. La croissance cumulée des émissions de CO2 de l'aviation atteint en effet 87% depuis 1990, en dépit des efforts réalisés pour augmenter la performance énergétique du secteur.

L'accord européen a, quoi qu'il en soit, suscité une nouvelle fois de vives critiques, à la fois au sein des ONG qui le trouvent insuffisant, et des compagnies qui, à l'inverse ,comparent le système des quotas à une taxe « pénalisante » vis-à-vis des compagnies non européennes. Air France, qui s'est engagé d'ici 2012 à réduire la consommation moyenne par passager à 3,7 litres aux 100 km, prône l'efficacité énergétique mais rejette le système de quotas tel qu'il a été défini. Estimant que la « situation économique a considérablement changé » depuis la conception du marché carbone en 2005, « le système ne doit pas être discriminatoire », explique le groupe dans son rapport environnemental. « Il doit s'appliquer de façon équivalente à l'ensemble des compagnies aériennes dans le monde » insiste Air France, pour qui « les quotas autorisés doivent être alloués gratuitement ». Une mis eaux enchères des quotas reviendrait « à instaurer un système de taxe (…) affaiblissant ainsi les capacités financières des compagnies aériennes à investir dans l'achat d'avions neufs ».Un bonus de plusieurs millirds d'euros, selon les ONG

L'Association des compagnies aériennes à bas prix (ELFAA), dont sont membres Easyjet et Ryanair notamment, s'est également prononcée contre la mise aux enchères des quotas menaçant d'un surcoût de « 6,30 euros le billet Francfort-Majorque », vol symbolique et très fréquenté par les touristes allemands… Une autre version de ce supposé « surcoût » a cependant été publiée en décembre 2006 par l'Institut britannique de recherche en politiques publiques (IPPR). Dans son étude « Trading up : Reforming the European Union's Emissions Trading Scheme » , il a en effet calculé que « l'allocation gratuite de quotas reviendrait à accorder 4 milliards d'euros de bénéfices exceptionnels » aux compagnies aériennes », qui ne manqueront pas de « répercuter leurs coûts sur les passagers ». Une analyse partagée par le WWF, qui a chiffré ce « bonus des quotas » à 3,5 milliards d'euros par an. Mais les critiques les plus vives émanent de l'ONG T&E (Transport et environnement), qui constate que « non seulement ce secteur prétend obtenir deux fois plus de permis de polluer que les autres, mais il profite également d'une exemption de taxe sur le carburant de 35 milliards d'euros à elle seule, sans mentionner les exemptions de TVA sur les billets et les 20 milliards que les contribuables européens ont déboursés pour le sauvetage de compagnies aériennes".